Генетическая генеалогия (часть 3): инструменты и советы

Денис Парфенов    | 2021.08.09

Генетическая генеалогиятрудоемка. Легко потратить часы на отдельные шаги, такие как сортировка и кластеризация совпадений и построение родословных, практически без начальной информации. Вот несколько инструментов и советов для тех, кто работает со своей ДНК по генеалогическим причинам.

Генетическая генеалогия, часть 3: инструменты и советы

Кластеризация совпадений ДНК

Независимо от того, какой тест ДНК вы пройдете, объединение совпадений ДНК в кластеры необходимо для решения большинства генеалогических проблем. Кластеризация по отношению к совпадениям ДНК означает группировку совпадений на основе того, как они связаны с вашими родовыми линиями. Например, вы можете сгруппировать свои совпадения ДНК по бабушке и дедушке. Вы можете взять свои ближайшие двадцать совпадений и сгруппировать их, чтобы узнать, что девять совпадений связаны с вами по линии вашего деда по отцовской линии, шесть совпадений связаны с вашей бабушкой по отцовской линии, три совпадения связаны с вами по линии вашего деда по материнской линии и два спички по материнской линии бабушки. Это может быть очень полезно позже при попытке выяснить, как связано новое или неизвестное совпадение.Это также полезно, если есть неизвестный предок по одной конкретной наследственной линии (посмотрите, как кластеризация помогает сузить релевантные совпадения в гипотетическом тематическом исследовании в конце первого поста в этой серии).

Метод Лидса для кластеризации совпадений ДНК

Метод Лидса - это ручной процесс кластеризации. Вы перечисляете имена пользователей всех ваших предполагаемых 2-го и 3-го кузенов (компания DNA оценивает эти отношения за вас) на листе Excel с количеством общих сантиморганов. Затем вы начинаете с первого совпадения в вашем списке и видите, какие совпадения ДНК у вас есть с ними общего. Каждому совпадению в этой первой группе назначается цвет. Затем вы переходите к следующему совпадению ДНК в вашем списке без присвоенного цвета и смотрите на ваши общие совпадения. Всей этой группе назначается другой цвет. Продолжайте этот процесс, пока у каждой спички не будет цвета.

Самая сложная часть кластеризации - это интерпретация. Не всегда получается четыре идеально разделенные группы, представляющие сторону каждого дедушки и бабушки. На веб-сайте Даны Лидс есть несколько полезных советов по интерпретации различных кластеров, которые могут возникнуть в результате использования ее метода кластеризации. [2]

Эверт-Ян Блом из GeneticAffairs.com первым разработал AutoCluster. AutoCluster можно использовать вместо ручного метода для группировки совпадений ДНК. Конечным результатом является сетка совпадений ДНК с цветными квадратами, представляющими группы людей, которые происходят от общего предка. Инструмент не выполняет интерпретацию за вас, но это другой подход к процессу кластеризации.

Автокластеризацию можно выполнить на веб-сайте Genetic Affairs с помощью тестов из 23andMe и FamilyTreeDNA. MyHeritage и GEDmatch предоставляют инструмент в своих базах данных. В настоящее время тесты Ancestry несовместимы с инструментом AutoCluster, но необработанные результаты ДНК теста Ancestry могут быть загружены на такой веб-сайт, как MyHeritage, и инструмент может использоваться там.

Genetic Affairs предлагает бесплатную пробную версию, поэтому на этом веб-сайте можно бесплатно выполнить ряд AutoClusters. Genetic Affairs также имеет руководство для своего веб-сайта и инструменты. [3]

Художник ДНК: каковы шансы?

Одна из самых сложных проблем с ДНК - неизвестное происхождение. Будь то усыновление или другая форма неизвестного отцовства, есть несколько трудоемких шагов. Инструмент Каковы шансы (WATO) от DNA Painter может помочь с последним и самым важным шагом. Возьмем, к примеру, неизвестного биологического деда. После кластеризации совпадений ДНК, надеюсь, у вас есть список совпадений ДНК, которые конкретно связаны с вами на стороне вашего неизвестного деда. Следующим шагом будет построение деревьев спичек назад во времени до тех пор, пока не будет найден общий предок. Последний шаг - построить дерево общих предков до тех пор, пока вы не найдете вероятную личность вашего неизвестного деда (см. Гипотетический пример из первого поста этой серии). Если, например,у всех совпадений есть общий предок, который является дедом или прадедом вашего неизвестного деда, тогда вам нужно будет найти всех внуков и правнуков общего предка и попытаться сузить круг, который был бы вашим неизвестным дедушкой.

С помощью инструмента WATO вы вводите идентифицированного общего предка между вашим неизвестным родственником и соответствующими совпадениями ДНК. Затем вы включаете всех потомков общего предка, включая совпадения ДНК и их количество общих сантиморганов. Затем инструмент позволяет вам проверить вероятность того, что определенный человек является вашим неизвестным родственником. Допустим, вы сузили круг своего неизвестного деда до одного из пяти мужчин. Ваш биологический дедушка мог быть одним из трех братьев или одним из двух двоюродных братьев мужского пола. Вы можете выбрать одного из этих мужчин в инструменте WATO и посмотреть, шансы, что этот человек является вашим биологическим дедушкой. Шансы рассчитываются на основе общих сантиморганов совпадений ДНК, которые вы вводите. Таким образом, чем больше введенных совпадений ДНК связано с неизвестным родственником, тем более точный прогноз вы получите с помощью инструмента.

Картирование хромосом

Одна из многих захватывающих возможностей ДНК - это возможность составить карту наследования ДНК. Используя информацию об общих сегментах из совпадений ДНК, вы можете определить, какие части вашей ДНК происходят от разных предков. Например, если вы разделяете 32-сантиморганный сегмент ДНК со вторым двоюродным братом (тот же набор прадедов и прадедов), то вы можете знать, что этот фрагмент ДНК пришел от этих прадедов через ваших дедушек и бабушек по этой линии, твоим родителям и тебе. Имея достаточное количество совпадений ДНК, вы теоретически можете определить, какие части каждой хромосомы произошли от каждого предка. См. Гипотетический пример ниже для одной из двадцати двух с половиной пар хромосом.

Это может занять очень много времени и его сложно завершить полностью. Инструмент Chromosome Mapping в DNA Painter - идеальный способ начать работу. Инструмент требует от вас ввести информацию о сегменте и затем пометить ее. Информацию о сегменте можно получить из большинства баз данных ДНК-тестов. Единственное исключение - это предки. В AncestryDNA нет возможности просмотреть подробную информацию о сегменте.

DNAPainter.com предлагает руководства и видеоролики, которые помогут использовать все их инструменты. [5]

Советы по контакту с родственником, имеющим ДНК

Одна из неизбежных составляющих генетической генеалогии - поиск совпадений ДНК для получения семейной информации. Контакт со случайным человеком может напугать, независимо от ситуации. Итак, вот несколько советов, как установить контакт с родственниками по ДНК.

  1. Сначала сообщение через систему базы данных ДНК. Записавшись на тест ДНК, человек уже в некотором смысле дал согласие на то, чтобы с ним связались через этот веб-сайт. У них гораздо больше шансов ответить через систему, чем где-либо еще. Часто легко найти номер телефона, адрес или электронную почту, однако люди привыкли игнорировать общение на этих платформах. По моему опыту, вы можете подумать о том, чтобы найти человека и связаться с ним через социальные сети. Лично я получаю гораздо меньше мошенничества и вымогательства в Facebook, чем по электронной почте и телефонным звонкам.
  1. Составьте пару вариантов того, что вы хотите сказать и как вы хотите это сказать. Никто не может быть идеально гладким и приятным с первого раза. Практика того, что вы хотите сказать или написать, может стать хорошим способом избавиться от неловкости. Однако не редактируйте бесконечно то, что вы хотите сказать или написать. Он никогда не будет идеальным, поэтому иногда просто нажать кнопку «Отправить» после пары правок, чтобы избавиться от любого сильного беспокойства, которое вы можете испытывать.
  1. Будьте чуткими, будьте готовы к неудачам. В нашем мире мошенничества и бесконечных вымогательств неудивительно, что кто-то не решится поговорить или пообщаться по электронной почте с незнакомцем, не говоря уже о том, чтобы делиться с ним личной семейной информацией.
  1. Будьте добры ко всем ответам, даже если это отказ. Некоторые люди плохо себя чувствуют под давлением, поэтому они могут сказать вам «нет», просто чтобы избежать давления принятия решения прямо сейчас. Со временем тот, кто сказал «нет», может вернуться и пожелать общаться и делиться информацией.
  1. Не преувеличивайте подробности. Люди недооценивают, сколько личной информации находится в открытом доступе и насколько легко о ком-то узнать. Если вы поделитесь слишком большим количеством того, что знаете, человек может испугаться. Например, если вы спрашиваете о чьей-то умершей бабушке или дедушке, чтобы вы могли начать строить дерево и найти общего предка, и говорите этому человеку, что вам уже известны имена и даты рождения его родителей, братьев и сестер, это легко увидеть как это может кого-то встревожить. Может быть хорошей идеей опустить то, что вы знаете о братьях и сестрах, датах рождения и родителях, и просто попросить информацию об их одном родителе, бабушке и дедушке.
  1. Не скрывайте подробностей. Мошенничество печально известно тем, что использует расплывчатую информацию. Постарайтесь прямо и ясно сказать, чего вы хотите, но не запугать. Другой ключ к получению ответа - это сделать человека достаточно любопытным, чтобы ответить, поэтому не лишайте ваши сообщения полностью тайны вашего исследовательского вопроса.

Проверить родителей или бабушек или дедушек

Аутосомная ДНК (которую тестируют большинство компаний, занимающихся ДНК) насчитывает всего 5-7 поколений, прежде чем стать ненадежной. Поэтому, если у вас есть вопрос со стороны отца, лучше проверить его или одного из его родителей. Это даст вам дополнительное поколение или два надежных совпадения ДНК.

Тесты Y и митохондриальной ДНК проверяют только прямые отцовские и материнские линии. Итак, если у вас есть вопрос по прямой материнской линии вашей матери, и вы мужчина, вы захотите пройти тестирование своей матери или бабушки по материнской линии. Тщательно подумайте, каких родственников вы можете попросить сделать тесты ДНК. Их не следует принуждать или запугивать, но обязательно объясните ценность и какую информацию можно потерять, если они решат не тестировать. Как всегда, будьте уважительны сейчас, если они потом передумают.

[4] Модель создана Форрестом Эмметом.

Вы занимались генетической генеалогией? Дайте мне знать в комментарии ниже!

Денис Парфенов Автор статей

Постоянный автор и редактор новостных статей, посвященных гемблингу и спорту, фанат казино и карточных игр, независимый обозреватель спортивых мероприятий.